Ngày 29 tháng 10 năm 2019, Tổng cục thuế ban hành Thông tư số 4398/TCT-KK. Theo đó:
Trường hợp công ty đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế, có Chi nhánh (khác tỉnh) trực tiếp xuất hóa đơn GTGT bán hàng hóa, dịch vụ và có phát sinh doanh thu thì Chi nhánh thực hiện:
– Tạo hóa đơn, thông báo phát hành hóa đơn và sử dụng hóa đơn theo hướng dẫn tại Thông tư số 39/2014/TT-BTC, Thông tư số 37/2017/TT-BTC và các Thông tư sửa đổi, bổ sung có liên quan.
– Hạch toán riêng doanh thu, thuế GTGT đầu vào, đầu ra phát sinh từ các hoạt động sản xuất kinh doanh tại Chi nhánh và khai thuế, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đặt chi nhánh theo hướng dẫn tại Điểm c Khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC, Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC, Điểm a Khoản 9 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC và các Thông tư sửa đổi, bổ sung có liên quan.
– Công ty phải xuất hóa đơn GTGT giao cho Chi nhánh đối với hàng hóa chuyển giao cho Chi nhánh bán hàng theo hướng dẫn tại Điểm 2.6 (a) Phụ lục 4 ban hành kèm theo thông tư số 39/2014/TT-BTC.
Đối với hóa đơn GTGT đầu vào mang tên người mua và mã số thuế của Công ty đã được Công ty khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp nhưng phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh của Chi nhánh:
– Trường hợp Công ty chưa được cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế kỳ tính thuế có liên quan tại trụ sở Công ty thì Công ty khai bổ sung hồ sơ khai thuế điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào tương ứng và lập biên bản bàn giao cho Chi nhánh để Chi nhánh khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp Chi nhánh;
– Trường hợp Công ty đã được cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế kỳ tính thuế có liên quan tại trụ sở Công ty thì thực hiện theo kết luận kiểm tra thuế, thanh tra thuế có liên quan.
