Ngày 27 tháng 01 năm 2021, Cục thuế Hà Nội ban hành công văn số 3446/CTHN-TTHT hướng dẫn phân bổ thuế GTGT đầu vào của hoạt động chịu thuế GTGT và hoạt động không chịu thuế GTGT, theo đó:
Công ty có hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì Công ty chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT nếu đáp ứng điều kiện về khấu trừ theo quy định. Công ty phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.
Công ty kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.
Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, Công ty được hạch toán vào chi phí để tính thuế TNDN hoặc tính vào nguyên giá của Tài sản cố định.