Ngày 09 tháng 08 năm 2018, Tổng Cục thuế ban hành công văn số 3081/TCT-CS. Theo đó:
Trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư xây dựng Nhà máy sản xuất cùng tỉnh, doanh nghiệp thành lập chi nhánh hạch toán độc lập để tổ chức thực hiện dự án nêu trên thì chi nhánh thực hiện kê khai thuế riêng đối với dự án và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào dự án để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại trụ sở chính, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của trụ sở chính. Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Trường hợp Công ty đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì Công ty phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho SXKD hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ của các kỳ kê khai thuế GTGT tính từ kỳ kê khai tiếp theo kỳ hoàn thuế liên trước đến kỳ hoàn thuế hiện tại. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ trong nước còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì Công ty được hoàn thuế cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu theo quy định. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
