Ngày 07/09/2022, Cục thuế Bắc Ninh ban hành công văn số 2697/CTBNI-TTHT, theo đó:
Trường hợp Công ty đã thành lập Chi nhánh đóng tại tỉnh Bắc Ninh, nhưng không bàn giao cho Chi nhánh trực tiếp quản lý dự án đầu tư tại tỉnh Bắc Ninh, Chi nhánh hạch toán phụ thuộc không có tài khoản ngân hàng và chưa lưu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ của dự án thì Công ty lập hồ sơ khai thuế, hồ sơ hoàn thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư tại tỉnh Bắc Ninh với Cục thuế tỉnh Bắc Ninh, đồng thời kết chuyển toàn bộ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh. Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
Trường hợp công ty có quyết định bàn giao để chi nhánh tại tỉnh Bắc Ninh thay mặt công ty trực tiếp quản lý dự án tại Bắc Ninh, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng thì Chi nhánh tại Bắc Ninh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế GTGT riêng với Cục thuế tỉnh Bắc Ninh. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, Công ty phải tổng hợp số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án đầu tư để bàn giao cho Chi nhánh mới thành lập để thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định tại Điểm b, Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.
