Ngày 31 tháng 03 năm 2020, Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành Công văn số 1366/CT-TTHT. Theo đó:
Trường hợp công ty đã thanh toán cho bên bán bằng tiền mặt đối với hàng hóa mua vào thuộc diện phải thanh toán qua ngân hàng, đã tổng hợp, kê khai thuế GTGT, thuế TNDN. Trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở công ty, Công ty đã thực hiện thanh toán lại cho bên bán bằng hình thức thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa đã mua và cũng được bên bán chuyển trả lại số tiền này qua ngân hàng.
Giao dịch mua bán và thanh toán tiền đã hoàn thành tại thời điểm các năm 2017, 2018; năm 2019 công ty chuyển khoản qua ngân hàng cho người bán và được người bán chuyển trả lại bằng số tiền đã chuyển khoản thì không được coi là thanh toán cho giao dịch mua bán của các năm 2017, 2018. Do đó Công ty không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với hàng hóa mua vào thuộc diện phải thanh toán qua ngân hàng nhưng thực tế thanh toán bằng tiền mặt.
