Ngày 06 tháng 02 năm 2017, Tổng Cục Thuế ban hành Công văn số 373/TCT-KK hướng dẫn giải quyết hoàn thuế GTGT đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 12 tháng liên tục trong giai đoạn chuyển tiếp của Luật số 106/2016/QH13. Theo đó:
Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính thì được hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Cục Thuế thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với tất cả hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao trong hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Trường hợp tại hồ sơ khai thuế kỳ tính thuế tháng 6/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý 2/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh không đề nghị hoàn số thuế giá trị gia tăng đầu vào luỹ kế chưa khấu trừ hết, đồng thời đã kê khai khấu trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì không được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh được bù trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của các kỳ tiếp theo.
Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung chưa đúng hướng dẫn của công văn 4943/TCT-KK ngày 23 tháng 11 năm 2015 nhưng không làm sai số thuế còn được khấu trừ, không làm sai số thuế đề nghị hoàn (người nộp thuế không khai vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào các kỳ trước mà khai vào chỉ tiêu số còn khấu trừ kỳ trước chuyển qua hoặc điều chỉnh vào số thuế giá trị gia tăng phát sinh trong kỳ) thì người nộp thuế được hoàn thuế nếu đáp ứng đầy đủ các quy định về khấu trừ, hoàn thuế của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lý thuế; người nộp thuế bị xử phạt về hành vi kê khai chưa đúng quy định.
